De Remonstranten bestaan bijna vierhonderd jaar en kennen dus een lange geschiedenis. Verzet tegen dogmatiek en geloofsdwang leidden tot het ontstaan van de Remonstranten. De behoefte aan vrijheid in het geloof is door de jaren heen wezenlijk voor de remonstrantse traditie geweest. Na het ontstaan van de Republiek van de Zeven Verenigde Nederlanden omstreeks 1570 was de Gereformeerde Kerk de officiële staatskerk geworden. De leer en de organisatie van deze kerk waren in sterke mate gestoeld op de opvattingen van Calvijn. Er was dan ook een sterk streven om bindende belijdenisgeschriften in te voeren. Hiertegen verzette zich een aantal meer gematigde predikanten. In 1610 stelde de hofprediker ds. Uytenbogaert namens deze groep een proteststuk op, de zogenaamde Remonstrantie, die bij overheid en kerk werd ingediend.
Deze Remonstrantie ging verder over de vraag of de kerk over de staat, danwel de staat over de kerk moet heersen, en over het theologische vraagstuk van de uitverkiezing (predestinatie). Met name dit vraagstuk werd door de groep die bindende belijdenisgeschriften wilde invoeren op de spits gedreven. Beide partijen schoven twee Leidse hoogleraren als hun kampioenen naar voren, namelijk Arminius (remonstrant) en Gomarus (contra-remonstrant), beide geen vechtersnaturen.
Om de geschillen te beslechten werd er in 1618 in Dordrecht een kerkvergadering, de zogenaamde Synode van Dordrecht, bijeengeroepen. Voorzitter was ds. Bogerman uit Leeuwarden, een uitgesproken en fel contra-remonstrant. De Remonstranten werden niet als gelijkgerechtigden uitgenodigd, maar als beklaagden gedagvaard, waartegen hun scherpzinnige woordvoerder Episcopius tevergeefs protesteerde. De strijd liep toen vervolgens zo hoog op, dat Bogerman driftig werd en op 14 januari 1619 de remonstranten kort en goed wegjoeg. Kort daarop werden tweehonderd predikanten afgezet en velen daarvan verbannen. Deze stichtten nog in datzelfde jaar 1619 in Antwerpen hun “Remonstrantse Broederschap”.
Velen keerden spoedig in het geheim weer terug en begonnen in Amsterdam hun eigen kerkdiensten te houden. Vanaf 1631 gebeurde dat zelfs openlijk. Hoewel ze in de Republiek steeds officieel verboden bleven, werden ze oogluikend geduld. In die tijd bouwden ze hun vele schuilkerken. Ze konden hun eigen opleidingsschool voor predikanten stichten te Amsterdam, die in 1873 werd overgeplaatst naar Leiden. Vooral in het begin werden de Remonstranten gehaat en belasterd. Zo werd hen ten onrechte in 1623 de moordaanslag op stadhouder Maurits ten laste gelegd.
Na 1850 beleefden de Remonstranten een zekere groei doordat veel liberale hervormden, de strijd en de verwarringen beu geworden, de Hervormde Kerk verlieten en zich bij een Remonstrants Gereformeerde Gemeente aansloten.
Op 4 september 2005 is, ter gelegenheid van het 375-jarig bestaan van de Remonstrantse Kerk in Amsterdam, een nieuw onderdeel van de website van de Universiteitsbibliotheek van Amsterdam in gebruik genomen. In dit deel van deze website is de collectie van 379 prenten opgenomen die de Universiteitsbibliotheek indertijd ontvangen heeft uit het archief van de Remonstrantse Gemeente Amsterdam. Deze verzameling, die door de Universiteitsbibliotheek wordt gekenmerkt als ‘klein’, maar historisch van grote waarde en technisch van hoge kwaliteit, is nu gedigitaliseerd en via internet toegankelijk. Deze ‘beeld-databank’ geeft een mooi overzicht van de grafisch vastgelegde geschiedenis van de Remonstranten in Amsterdam en de geschiedenis daarbuiten.